茶樹高密度遺傳圖譜構(gòu)建取得重要進(jìn)展
遺傳圖譜既是茶樹遺傳研究的重要手段，又是加速茶樹分子標(biāo)記育種的有力工具。長(zhǎng)期以來(lái)，由于作圖群體類型和分子標(biāo)記數(shù)量的限制，已構(gòu)建的茶樹遺傳圖譜在標(biāo)記密度、基因組覆蓋度等方面都有待提高。近日，我所茶樹種質(zhì)資源創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)構(gòu)建了首張茶樹高密度遺傳圖譜。該團(tuán)隊(duì)采用簡(jiǎn)化基因組測(cè)序技術(shù)對(duì)一個(gè)F1全同胞家系進(jìn)行高通量測(cè)序，獲得了101091個(gè)高質(zhì)量的序列標(biāo)簽，隨后通過(guò)基因型編碼開發(fā)出18846個(gè)SNP標(biāo)記，剔除親本信息缺失、完整度過(guò)低和不適合該群體作圖的多態(tài)性標(biāo)記后，獲得6042個(gè)可用于構(gòu)建圖譜的SNP標(biāo)記，并聯(lián)合406個(gè)SSR標(biāo)記構(gòu)建了包含15個(gè)連鎖群、3973個(gè)位點(diǎn)(包含1470個(gè)bin和2543個(gè)單標(biāo)記)、總圖距3965 cM、標(biāo)記間平均距離為1.0cM的高密度遺傳圖譜。同時(shí)，通過(guò)等位基因和合子偏分離檢驗(yàn)還發(fā)現(xiàn)，該作圖群體中81.5%偏分離標(biāo)記是由配子選擇引起的，4.9%由合子選擇導(dǎo)致的，10.0%由配子和合子共同選擇導(dǎo)致的。研究結(jié)果在最近一期《PLoS One》(《公共科學(xué)圖書館-綜合》)(doi:10.1371/journal.pone.0128798)上發(fā)表。
該研究構(gòu)建的高密度遺傳圖譜為進(jìn)一步開展茶樹QTL精細(xì)定位、基因圖位克隆和分子標(biāo)記輔助育種等研究提供了平臺(tái)。該研究得到了國(guó)家自然科學(xué)基金、現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系、中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院科技創(chuàng)新工程、浙江省農(nóng)業(yè)新品種選育重大科技專項(xiàng)等項(xiàng)目的支持。
圖1 遺傳圖譜信息統(tǒng)計(jì)
圖2 連鎖群標(biāo)記位點(diǎn)分布情況
圖3 偏分離標(biāo)記類型和分布模式
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